imar Sinan'ın Selimiye'den sonra Trakya'da en büyük camisidir. Cami, kervansaray, hamam, medrese ve dükkanlardan meydana gelmiş bir külliye olan Cedid Ali paşa Külliye olarak mevcudiyetini sürdürmektedir.

dirne'de bulunan h: 982 tarihli bir muhasebe evrakında; Ali Paşanın Edirne'de bir çarşı ayrıca Babaeski'de de cami ve cami için aynı kasabada hamam, kervansaray ve dükkanlardan oluşan geniş evkafının olduğu belirtilmekte; bahsedilen yapılar hakkında müfredatıyla açıklamalar yapılmaktadır. Mimar Sinan Şair Sai'ye hikaye ettiği Tuhfetülmi'marin ve tezkeretülebniye adlı belgelerde Babaeski de "camiden ve medrese-i Ali Paşa der Babaeski" diyerek medreseden bahsetmektedir.

Tespitlerimize göre inşası 1575 yılında bitirilen cami h: 1126 da ve h:1248 (m:1832) de tamir geçirmiş zaman zaman uğradığı değişikliklerle bazen avludaki medrese odaları gibi yapı birimlerini yitirirken bazen de muhdas ilavelerle genişlemiştir. Minaresi 1912 balkan harbinde yıkılmış 1934 yılında tekrar yapılmıştır.

edresenin cami giriş avlusu etrafında iki katlı odalardan oluşan bir yapı olması ve cami ile birlikte mütalaa edilmesi ihtimali kuvvetlidir. Avlu Kuzey girişinin mimari formu ve duvar üzerindeki merdiven izleri bu varsayımı kuvvetlendirmektedir.

Fatih camii karşısında, camiden oldukça uzakta yer alan hamamın sıcaklık ve külhan kısımları son restorasyona rağmen kimliğini korumaktadır. Fakat dış cephe klasik dekorasyon öğeleri yok olmuş acayip bir görünüme bürünmüştür.

Kervansaray ve dükkanların hamam ile cami arasında yer alması en mantıklı varsayım olmalıdır. Zira caminin güneyi ergene nehri ve köprüsü ile sınırlıdır. 1993 hamam ve kısmen camide restorasyon yapıldı.